Khi mối đe dọa của Thiên thần leo thang, lực lượng phòng thủ của nhân loại bị đẩy đến giới hạn của nó, với NERV đi đầu trong cuộc đấu tranh. Shinji Ikari và cộng sự Rei Ayanami được hỗ trợ bởi hai phi công mới: Asuka Langley Shikinami bốc lửa và Mari Illustrious Makinami bí ẩn.